Proteína de ligação ao ADN de fita simples

Proteína de ligação ao ADN de fita simples (abreviada na literatura científica em inglês como SSB, single-strand DNA-binding protein) é uma proteína encontrada em bactérias Escherichia coli (E. coli), that se liga a regiões de fita simples de ácido desoxirribonucleico (ADN).[1] O DNA de fita simples é produzido durante todos os aspectos do metabolismo do DNA: replicação, recombinação e reparo. Além de estabilizar esse DNA de fita simples, as proteínas SSB se ligam e modulam a função de inúmeras proteínas envolvidas em todos esses processos.

SSB de E. coli ativa é composto por quatro subunidades idênticas de 19 kDa. A ligação do DNA de fita simples ao tetrâmero pode ocorrer em diferentes "modos", com SSB ocupando diferentes números de bases de DNA, dependendo de vários fatores, incluindo a concentração de sal. Por exemplo, o modo de ligação (SSB)65, no qual aproximadamente 65 nucleotídeos de DNA envolvem o tetrâmero SSB e entram em contato com todas as suas quatro subunidades, é favorecido em altas concentrações de sal in vitro. Em concentrações mais baixas de sal, o modo de ligação (SSB)35, em que cerca de 35 nucleotídeos se ligam a apenas duas das subunidades SSB, tende a se formar. Trabalho posterior ainda é necessário para elucidar as funções dos vários modos de ligação in vivo.

SSB bacteriano

SSB
Proteína de ligação ao ADN de fita simples
Estrutura cristalina de PriB- uma proteína de replicação de DNA primossômico de Escherichia coli
Indicadores
Símbolo SSB
Pfam PF00436
InterPro IPR000424
PROSITE PDOC00602
SCOP 1kaw
TCDB 3.A.7

Domínios de proteína SSB em bactéria são importantes em sua função de manutenção do metabolismo do ANA, mais especificamente replicação do ADN, reparo e recombinação.[2] Tem uma estrutura de três fitas beta para uma única folha-beta de seis fitas para formar um dímero de proteína.[3]

Ver também

  • Proteína de ligação ao AD
  • Proteína de ligação de fita simples
  • Comparação de software de simulação de ácido nucleico

Referências

  1. ↑ Oakley, A.J. (2014). «Intramolecular binding mode of the C-terminus of Escherichia coli single-stranded DNA binding protein determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.». Nucleic Acids Research. 42 (4): 2750–7. PMC 3936761Acessível livremente. PMID 24288378. doi:10.1093/nar/gkt1238 
  2. ↑ Meyer, RR; Laine, PS (Dezembro de 1990). «The single-stranded DNA-binding protein of Escherichia coli». Microbiol. Rev. 54 (4): 342–80. PMC 372786Acessível livremente. PMID 2087220. doi:10.1128/MMBR.54.4.342-380.1990 
  3. ↑ Raghunathan, S; Ricard, CS; Lohman, TM; Waksman, G (Junho de 1997). «Crystal structure of the homo-tetrameric DNA binding domain of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein at 2.9-A resolution». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (13): 6652–7. PMC 21213Acessível livremente. PMID 9192620. doi:10.1073/pnas.94.13.6652Acessível livremente 

Este artigo contém texto em domínio público de Pfam e InterPro IPR000635

Ligações externas

  • MeSH Single-Stranded+DNA+Binding+Proteins
  • SSB no PFAM