1901 yılında Avlonyalı Mehmed Ferid Paşa’nın valiliği sırasında Sultani Mektebi'nin avlusu içerisinde küçük bir binada Müze-i Hümayun'un Konya Şubesi şeklinde bir depo olarak kuruldu.
Gazi Mustafa Kemal, 20 Mart 1923’teki Konya ziyareti sırasında müze deposunu ziyaret etti.
Depodaki eserler, 1927 yılında müze olarak açılan Mevlana Dergahı’na taşındı.
Arkeolojik eserler 1953 yılında İplikçi Camii’ne, 1962 yılında bugünkü binasına taşındı.
Müzenin bölümleri
Müzede eserler dört bölümde sergilenir: Prehistorik Eserler Bölümü, Demir Çağı Eserleri Bölümü, Roma Çağı Bölümü, Sikke Bölümü. Ayrıca müze bahçesinde de çeşitli eserler sergilenir.
