APOBEC3D

Ідентифікатори

Символи

APOBEC3D, A3D, APOBEC3DE, APOBEC3E, ARP6, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3D, A3DE

Зовнішні ІД

OMIM: 609900 HomoloGene: 122788 GeneCards: APOBEC3D

Онтологія гена
Молекулярна функція	• hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • zinc ion binding • каталітична активність • hydrolase activity • зв'язування з іоном металу • RNA binding • cytidine deaminase activity
Клітинна компонента	• цитоплазма • P-body • клітинне ядро
Біологічний процес	• negative regulation of transposition • вроджений імунітет • defense response to virus • DNA cytosine deamination • negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate • процес імунної системи • cytidine deamination • cytidine to uridine editing • DNA demethylation
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


140564


н/д

Ensembl


ENSG00000243811


н/д

UniProt


B2CML4


н/д

RefSeq (мРНК)


NM_152426 NM_001363781


н/д

RefSeq (білок)


NP_689639 NP_001350710


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 22: 39.02 – 39.03 Mb

н/д

PubMed search

^[1]

н/д

Вікідані

Див./Ред. для людей

APOBEC3D (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[2] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 386 амінокислот, а молекулярна маса — 46 598^[3].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNPQIRNPME	RMYRDTFYDN	FENEPILYGR	SYTWLCYEVK	IKRGRSNLLW
DTGVFRGPVL	PKRQSNHRQE	VYFRFENHAE	MCFLSWFCGN	RLPANRRFQI
TWFVSWNPCL	PCVVKVTKFL	AEHPNVTLTI	SAARLYYYRD	RDWRWVLLRL
HKAGARVKIM	DYEDFAYCWE	NFVCNEGQPF	MPWYKFDDNY	ASLHRTLKEI
LRNPMEAMYP	HIFYFHFKNL	LKACGRNESW	LCFTMEVTKH	HSAVFRKRGV
FRNQVDPETH	CHAERCFLSW	FCDDILSPNT	NYEVTWYTSW	SPCPECAGEV
AEFLARHSNV	NLTIFTARLC	YFWDTDYQEG	LCSLSQEGAS	VKIMGYKDFV
SCWKNFVYSD	DEPFKPWKGL	QTNFRLLKRR	LREILQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі.

Література

Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350
Stenglein M.D., Burns M.B., Li M., Lengyel J., Harris R.S. (2010). APOBEC3 proteins mediate the clearance of foreign DNA from human cells. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 222—229. PMID 20062055 DOI:10.1038/nsmb.1744
Arias J.F., Koyama T., Kinomoto M., Tokunaga K. (2012). Retroelements versus APOBEC3 family members: No great escape from the magnificent seven. Front. Microbiol. 3: 275—275. PMID 22912627 DOI:10.3389/fmicb.2012.00275
Phalora P.K., Sherer N.M., Wolinsky S.M., Swanson C.M., Malim M.H. (2012). HIV-1 replication and APOBEC3 antiviral activity are not regulated by P bodies. J. Virol. 86: 11712—11724. PMID 22915799 DOI:10.1128/JVI.00595-12
Refsland E.W., Hultquist J.F., Harris R.S. (2012). Endogenous origins of HIV-1 G-to-A hypermutation and restriction in the nonpermissive T cell line CEM2n. PLoS Pathog. 8: E1002800—E1002800. PMID 22807680 DOI:10.1371/journal.ppat.1002800

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17354 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.
↑ UniProt, Q96AK3 (англ.) . Архів оригіналу за 2 травня 2017. Процитовано 22 серпня 2017.