ARID1B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2CXY, 2EH9

Ідентифікатори

Символи

ARID1B, 6A3-5, BAF250B, BRIGHT, DAN15, ELD/OSA1, MRD12, OSA2, P250R, CSS1, AT-rich interaction domain 1B, SMARCF2

Зовнішні ІД

OMIM: 614556 MGI: 1926129 HomoloGene: 32344 GeneCards: ARID1B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• nBAF complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • клітинна мембрана • цитоплазма • SWI/SNF superfamily-type complex • SWI/SNF complex • brahma complex
Біологічний процес	• ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • neuron-neuron synaptic transmission • dendritic spine development • dendritic cell dendrite assembly • response to ischemia • cellular response to angiotensin • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


57492


239985

Ensembl


ENSG00000049618


ENSMUSG00000069729

UniProt


Q8NFD5


E9Q4N7

RefSeq (мРНК)


NM_017519 NM_001363725 NM_001371656 NM_001374820 NM_001374828


NM_001085355

RefSeq (білок)


NP_059989 NP_001350654 NP_001358585 NP_001361749 NP_001361757


NP_001078824

Локус (UCSC)

Хр. 6: 156.78 – 157.21 Mb

Хр. 17: 5.04 – 5.4 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ARID1B (англ. AT-rich interaction domain 1B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 236 амінокислот, а молекулярна маса — 236 123^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAHNAGAAAA	AGTHSAKSGG	SEAALKEGGS	AAALSSSSSS	SAAAAAASSS
SSSGPGSAME	TGLLPNHKLK	TVGEAPAAPP	HQQHHHHHHA	HHHHHHAHHL
HHHHALQQQL	NQFQQQQQQQ	QQQQQQQQQQ	QHPISNNNSL	GGAGGGAPQP
GPDMEQPQHG	GAKDSAAGGQ	ADPPGPPLLS	KPGDEDDAPP	KMGEPAGGRY
EHPGLGALGT	QQPPVAVPGG	GGGPAAVPEF	NNYYGSAAPA	SGGPGGRAGP
CFDQHGGQQS	PGMGMMHSAS	AAAAGAPGSM	DPLQNSHEGY	PNSQCNHYPG
YSRPGAGGGG	GGGGGGGGGS	GGGGGGGGAG	AGGAGAGAVA	AAAAAAAAAA
GGGGGGGYGG	SSAGYGVLSS	PRQQGGGMMM	GPGGGGAASL	SKAAAGSAAG
GFQRFAGQNQ	HPSGATPTLN	QLLTSPSPMM	RSYGGSYPEY	SSPSAPPPPP
SQPQSQAAAA	GAAAGGQQAA	AGMGLGKDMG	AQYAAASPAW	AAAQQRSHPA
MSPGTPGPTM	GRSQGSPMDP	MVMKRPQLYG	MGSNPHSQPQ	QSSPYPGGSY
GPPGPQRYPI	GIQGRTPGAM	AGMQYPQQQM	PPQYGQQGVS	GYCQQGQQPY
YSQQPQPPHL	PPQAQYLPSQ	SQQRYQPQQD	MSQEGYGTRS	QPPLAPGKPN
HEDLNLIQQE	RPSSLPDLSG	SIDDLPTGTE	ATLSSAVSAS	GSTSSQGDQS
NPAQSPFSPH	ASPHLSSIPG	GPSPSPVGSP	VGSNQSRSGP	ISPASIPGSQ
MPPQPPGSQS	ESSSHPALSQ	SPMPQERGFM	AGTQRNPQMA	QYGPQQTGPS
MSPHPSPGGQ	MHAGISSFQQ	SNSSGTYGPQ	MSQYGPQGNY	SRPPAYSGVP
SASYSGPGPG	MGISANNQMH	GQGPSQPCGA	VPLGRMPSAG	MQNRPFPGNM
SSMTPSSPGM	SQQGGPGMGP	PMPTVNRKAQ	EAAAAVMQAA	ANSAQSRQGS
FPGMNQSGLM	ASSSPYSQPM	NNSSSLMNTQ	APPYSMAPAM	VNSSAASVGL
ADMMSPGESK	LPLPLKADGK	EEGTPQPESK	SKKSSSSTTT	GEKITKVYEL
GNEPERKLWV	DRYLTFMEER	GSPVSSLPAV	GKKPLDLFRL	YVCVKEIGGL
AQVNKNKKWR	ELATNLNVGT	SSSAASSLKK	QYIQYLFAFE	CKIERGEEPP
PEVFSTGDTK	KQPKLQPPSP	ANSGSLQGPQ	TPQSTGSNSM	AEVPGDLKPP
TPASTPHGQM	TPMQGGRSST	ISVHDPFSDV	SDSSFPKRNS	MTPNAPYQQG
MSMPDVMGRM	PYEPNKDPFG	GMRKVPGSSE	PFMTQGQMPN	SSMQDMYNQS
PSGAMSNLGM	GQRQQFPYGA	SYDRRHEPYG	QQYPGQGPPS	GQPPYGGHQP
GLYPQQPNYK	RHMDGMYGPP	AKRHEGDMYN	MQYSSQQQEM	YNQYGGSYSG
PDRRPIQGQY	PYPYSRERMQ	GPGQIQTHGI	PPQMMGGPLQ	SSSSEGPQQN
MWAARNDMPY	PYQNRQGPGG	PTQAPPYPGM	NRTDDMMVPD	QRINHESQWP
SHVSQRQPYM	SSSASMQPIT	RPPQPSYQTP	PSLPNHISRA	PSPASFQRSL
ENRMSPSKSP	FLPSMKMQKV	MPTVPTSQVT	GPPPQPPPIR	REITFPPGSV
EASQPVLKQR	RKITSKDIVT	PEAWRVMMSL	KSGLLAESTW	ALDTINILLY
DDSTVATFNL	SQLSGFLELL	VEYFRKCLID	IFGILMEYEV	GDPSQKALDH
NAARKDDSQS	LADDSGKEEE	DAECIDDDEE	DEEDEEEDSE	KTESDEKSSI
ALTAPDAAAD	PKEKPKQASK	FDKLPIKIVK	KNNLFVVDRS	DKLGRVQEFN
SGLLHWQLGG	GDTTEHIQTH	FESKMEIPPR	RRPPPPLSSA	GRKKEQEGKG
DSEEQQEKSI	IATIDDVLSA	RPGALPEDAN	PGPQTESSKF	PFGIQQAKSH
RNIKLLEDEP	RSRDETPLCT	IAHWQDSLAK	RCICVSNIVR	SLSFVPGNDA
EMSKHPGLVL	ILGKLILLHH	EHPERKRAPQ	TYEKEEDEDK	GVACSKDEWW
WDCLEVLRDN	TLVTLANISG	QLDLSAYTES	ICLPILDGLL	HWMVCPSAEA
QDPFPTVGPN	SVLSPQRLVL	ETLCKLSIQD	NNVDLILATP	PFSRQEKFYA
TLVRYVGDRK	NPVCREMSMA	LLSNLAQGDA	LAARAIAVQK	GSIGNLISFL
EDGVTMAQYQ	QSQHNLMHMQ	PPPLEPPSVD	MMCRAAKALL	AMARVDENRS
EFLLHEGRLL	DISISAVLNS	LVASVICDVL	FQIGQL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, нейрогенез, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Mangel L., Ternes T., Schmitz B., Doerfler W. (1998). New 5'-(CGG)-3' repeats in the human genome. J. Biol. Chem. 273: 30466—30471. PMID 9804814 DOI:10.1074/jbc.273.46.30466
Martens J.A., Winston F. (2003). Recent advances in understanding chromatin remodeling by SWI/SNF complexes. Curr. Opin. Genet. Dev. 13: 136—142. PMID 12672490 DOI:10.1016/S0959-437X(03)00022-4
Hurlstone A.F., Olave I.A., Barker N., van Noort M., Clevers H. (2002). Cloning and characterization of hELD/OSA1, a novel BRG1 interacting protein. Biochem. J. 364: 255—264. PMID 11988099

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18040 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
↑ UniProt, Q8NFD5 (англ.) . Архів оригіналу за 28 жовтня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма