RORC

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
3B0W, 3KYT, 3L0J, 3L0L, 4NB6, 4NIE, 4QM0, 4S14, 4WLB, 4WPF, 4WQP, 4XT9, 4YMQ, 4ZJR, 4ZJW, 4ZOM, 5C4O, 5APK, 5APJ, 5APH, 5C4U, 5C4S, 5C4T, 4YPQ, 5AYG, 5IXK, 5IZ0, 5EJV, 5ETH

Ідентифікатори

Символи

RORC, NR1F3, RORG, RZR-GAMMA, RZRG, TOR, RAR-related orphan receptor gamma, IMD42, RAR related orphan receptor C

Зовнішні ІД

OMIM: 602943 MGI: 104856 HomoloGene: 21051 GeneCards: RORC

Пов'язані генетичні захворювання

запальні захворювання кишківника^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • ligand-activated transcription factor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxysterol binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • transcription coactivator binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • клітинне ядро • ядерні тільця
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • cellular response to sterol • negative regulation of thymocyte apoptotic process • circadian regulation of gene expression • regulation of fat cell differentiation • transcription, DNA-templated • regulation of steroid metabolic process • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • regulation of glucose metabolic process • циркадний ритм • xenobiotic metabolic process • positive regulation of circadian rhythm • adipose tissue development • T-helper 17 cell differentiation • Peyer's patch development • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • T-helper cell differentiation • lymph node development • steroid hormone mediated signaling pathway • intracellular receptor signaling pathway • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • cytokine-mediated signaling pathway
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6097


19885

Ensembl


ENSG00000143365


ENSMUSG00000028150

UniProt


P51449


P51450

RefSeq (мРНК)


NM_001001523 NM_005060


NM_001293734 NM_011281

RefSeq (білок)


NP_001001523 NP_005051


NP_001280663 NP_035411

Локус (UCSC)

Хр. 1: 151.81 – 151.83 Mb

Хр. 3: 94.28 – 94.31 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

RORC (англ. RAR related orphan receptor C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 518 амінокислот, а молекулярна маса — 58 195^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDRAPQRQHR	ASRELLAAKK	THTSQIEVIP	CKICGDKSSG	IHYGVITCEG
CKGFFRRSQR	CNAAYSCTRQ	QNCPIDRTSR	NRCQHCRLQK	CLALGMSRDA
VKFGRMSKKQ	RDSLHAEVQK	QLQQRQQQQQ	EPVVKTPPAG	AQGADTLTYT
LGLPDGQLPL	GSSPDLPEAS	ACPPGLLKAS	GSGPSYSNNL	AKAGLNGASC
HLEYSPERGK	AEGRESFYST	GSQLTPDRCG	LRFEEHRHPG	LGELGQGPDS
YGSPSFRSTP	EAPYASLTEI	EHLVQSVCKS	YRETCQLRLE	DLLRQRSNIF
SREEVTGYQR	KSMWEMWERC	AHHLTEAIQY	VVEFAKRLSG	FMELCQNDQI
VLLKAGAMEV	VLVRMCRAYN	ADNRTVFFEG	KYGGMELFRA	LGCSELISSI
FDFSHSLSAL	HFSEDEIALY	TALVLINAHR	PGLQEKRKVE	QLQYNLELAF
HHHLCKTHRQ	SILAKLPPKG	KLRSLCSQHV	ERLQIFQHLH	PIVVQAAFPP
LYKELFSTET	ESPVGLSK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, активаторів, білків розвитку. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

Hirose T., Smith R.J., Jetten A.M. (1994). ROR gamma: the third member of ROR/RZR orphan receptor subfamily that is highly expressed in skeletal muscle. Biochem. Biophys. Res. Commun. 205: 1976—1983. PMID 7811290 DOI:10.1006/bbrc.1994.2902
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Jetten A.M. (2009). Retinoid-related orphan receptors (RORs): critical roles in development, immunity, circadian rhythm, and cellular metabolism. Nucl. Recept. Signal. 7: 3—35. PMID 19381306 DOI:10.1621/nrs.07003
Wang Y., Kumar N., Crumbley C., Griffin P.R., Burris T.P. (2010). A second class of nuclear receptors for oxysterols: Regulation of RORalpha and RORgamma activity by 24S-hydroxycholesterol (cerebrosterol). Biochim. Biophys. Acta. 1801: 917—923. PMID 20211758 DOI:10.1016/j.bbalip.2010.02.012
Solt L.A., Burris T.P. (2012). Action of RORs and their ligands in (patho)physiology. Trends Endocrinol. Metab. 23: 619—627. PMID 22789990 DOI:10.1016/j.tem.2012.05.012

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з RORC переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10260 (англ.) . Архів оригіналу за 24 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.
↑ UniProt, P51449 (англ.) . Архів оригіналу за 24 серпня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма