KDM5B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5FUN, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4

Ідентифікатори

Символи

KDM5B, CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, lysine demethylase 5B, MRT65

Зовнішні ІД

OMIM: 605393 MGI: 1922855 HomoloGene: 48448 GeneCards: KDM5B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • histone demethylase activity • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • sequence-specific double-stranded DNA binding • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • GO:0031493 histone binding • zinc ion binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • methylated histone binding
Клітинна компонента	• нуклеоплазма • клітинне ядро • гіалоплазма • histone methyltransferase complex
Біологічний процес	• response to fungicide • positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • branching involved in mammary gland duct morphogenesis • uterus morphogenesis • ритмічний процес • regulation of estradiol secretion • post-embryonic development • cellular response to fibroblast growth factor stimulus • transcription, DNA-templated • single fertilization • mammary duct terminal end bud growth • GO:1901313 positive regulation of gene expression • lens fiber cell differentiation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation • cellular response to leukemia inhibitory factor • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10765


75605

Ensembl


ENSG00000117139


ENSMUSG00000042207

UniProt


Q9UGL1


Q80Y84

RefSeq (мРНК)


NM_001314042 NM_006618 NM_001347591 NM_001399817


NM_152895

RefSeq (білок)


NP_001300971 NP_001334520 NP_006609


NP_690855

Локус (UCSC)

Хр. 1: 202.72 – 202.81 Mb

Хр. 1: 134.49 – 134.56 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM5B (англ. Lysine demethylase 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 544 амінокислот, а молекулярна маса — 175 658^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAATTLHPG	PRPALPLGGP	GPLGEFLPPP	ECPVFEPSWE	EFADPFAFIH
KIRPIAEQTG	ICKVRPPPDW	QPPFACDVDK	LHFTPRIQRL	NELEAQTRVK
LNFLDQIAKY	WELQGSTLKI	PHVERKILDL	FQLNKLVAEE	GGFAVVCKDR
KWTKIATKMG	FAPGKAVGSH	IRGHYERILN	PYNLFLSGDS	LRCLQKPNLT
TDTKDKEYKP	HDIPQRQSVQ	PSETCPPARR	AKRMRAEAMN	IKIEPEETTE
ARTHNLRRRM	GCPTPKCENE	KEMKSSIKQE	PIERKDYIVE	NEKEKPKSRS
KKATNAVDLY	VCLLCGSGND	EDRLLLCDGC	DDSYHTFCLI	PPLHDVPKGD
WRCPKCLAQE	CSKPQEAFGF	EQAARDYTLR	TFGEMADAFK	SDYFNMPVHM
VPTELVEKEF	WRLVSTIEED	VTVEYGADIA	SKEFGSGFPV	RDGKIKLSPE
EEEYLDSGWN	LNNMPVMEQS	VLAHITADIC	GMKLPWLYVG	MCFSSFCWHI
EDHWSYSINY	LHWGEPKTWY	GVPGYAAEQL	ENVMKKLAPE	LFVSQPDLLH
QLVTIMNPNT	LMTHEVPVYR	TNQCAGEFVI	TFPRAYHSGF	NQGFNFAEAV
NFCTVDWLPL	GRQCVEHYRL	LHRYCVFSHD	EMICKMASKA	DVLDVVVAST
VQKDMAIMIE	DEKALRETVR	KLGVIDSERM	DFELLPDDER	QCVKCKTTCF
MSAISCSCKP	GLLVCLHHVK	ELCSCPPYKY	KLRYRYTLDD	LYPMMNALKL
RAESYNEWAL	NVNEALEAKI	NKKKSLVSFK	ALIEESEMKK	FPDNDLLRHL
RLVTQDAEKC	ASVAQQLLNG	KRQTRYRSGG	GKSQNQLTVN	ELRQFVTQLY
ALPCVLSQTP	LLKDLLNRVE	DFQQHSQKLL	SEETPSAAEL	QDLLDVSFEF
DVELPQLAEM	RIRLEQARWL	EEVQQACLDP	SSLTLDDMRR	LIDLGVGLAP
YSAVEKAMAR	LQELLTVSEH	WDDKAKSLLK	ARPRHSLNSL	ATAVKEIEEI
PAYLPNGAAL	KDSVQRARDW	LQDVEGLQAG	GRVPVLDTLI	ELVTRGRSIP
VHLNSLPRLE	TLVAEVQAWK	ECAVNTFLTE	NSPYSLLEVL	CPRCDIGLLG
LKRKQRKLKE	PLPNGKKKST	KLESLSDLER	ALTESKETAS	AMATLGEARL
REMEALQSLR	LANEGKLLSP	LQDVDIKICL	CQKAPAAPMI	QCELCRDAFH
TSCVAVPSIS	QGLRIWLCPH	CRRSEKPPLE	KILPLLASLQ	RIRVRLPEGD
ALRYMIERTV	NWQHRAQQLL	SSGNLKFVQD	RVGSGLLYSR	WQASAGQVSD
TNKVSQPPGT	TSFSLPDDWD	NRTSYLHSPF	STGRSCIPLH	GVSPEVNELL
MEAQLLQVSL	PEIQELYQTL	LAKPSPAQQT	DRSSPVRPSS	EKNDCCRGKR
DGINSLERKL	KRRLEREGLS	SERWERVKKM	RTPKKKKIKL	SHPKDMNNFK
LERERSYELV	RSAETHSLPS	DTSYSEQEDS	EDEDAICPAV	SCLQPEGDEV
DWVQCDGSCN	QWFHQVCVGV	SPEMAEKEDY	ICVRCTVKDA	PSRK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 DOI:10.1101/gad.1523007

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18039 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q9UGL1 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма