EGR1

EGR1
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

4R2A, 4R2C, 4R2D, 4X9J

Ідентифікатори
Символи EGR1, AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, early growth response 1
Зовнішні ІД OMIM: 128990 MGI: 95295 HomoloGene: 56394 GeneCards: EGR1
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
sequence-specific DNA binding
RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
зв'язування з іоном металу
transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
histone acetyltransferase binding
nucleic acid binding
hemi-methylated DNA-binding
double-stranded methylated DNA binding
zinc ion binding
promoter-specific chromatin binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific

Клітинна компонента

нуклеоплазма
клітинне ядро
цитоплазма

Біологічний процес

regulation of apoptotic process
cellular response to organic substance
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
glomerular mesangial cell proliferation
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
response to glucose
transcription by RNA polymerase II
BMP signaling pathway
transcription, DNA-templated
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
response to insulin
interleukin-1-mediated signaling pathway
cellular response to mycophenolic acid
T cell differentiation
type I interferon signaling pathway
positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation
cellular response to gamma radiation
regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia
skeletal muscle cell differentiation
cellular response to heparin
regulation of protein sumoylation
negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
cellular response to interleukin-8
response to hypoxia
response to ischemia
еструс
positive regulation of hormone biosynthetic process
regulation of progesterone biosynthetic process
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
GO:1901313 positive regulation of gene expression
circadian regulation of gene expression
locomotor rhythm
ритмічний процес
circadian temperature homeostasis
positive regulation of neuron death
positive regulation of tau-protein kinase activity

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії


Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
1958
13653
Ensembl
ENSG00000120738
ENSMUSG00000038418
UniProt
P18146
P08046
RefSeq (мРНК)
NM_001964
NM_007913
RefSeq (білок)
NP_001955
NP_031939
Локус (UCSC) Хр. 5: 138.47 – 138.47 Mb Хр. 18: 34.99 – 35 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

EGR1 (англ. Early growth response 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 543 амінокислот, а молекулярна маса — 57 507[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MAAAKAEMQLMSPLQISDPFGSFPHSPTMDNYPKLEEMMLLSNGAPQFLG
AAGAPEGSGSNSSSSSSGGGGGGGGGSNSSSSSSTFNPQADTGEQPYEHL
TAESFPDISLNNEKVLVETSYPSQTTRLPPITYTGRFSLEPAPNSGNTLW
PEPLFSLVSGLVSMTNPPASSSSAPSPAASSASASQSPPLSCAVPSNDSS
PIYSAAPTFPTPNTDIFPEPQSQAFPGSAGTALQYPPPAYPAAKGGFQVP
MIPDYLFPQQQGDLGLGTPDQKPFQGLESRTQQPSLTPLSTIKAFATQSG
SQDLKALNTSYQSQLIKPSRMRKYPNRPSKTPPHERPYACPVESCDRRFS
RSDELTRHIRIHTGQKPFQCRICMRNFSRSDHLTTHIRTHTGEKPFACDI
CGRKFARSDERKRHTKIHLRQKDKKADKSVVASSATSSLSSYPSPVATSY
PSPVTTSYPSPATTSYPSPVPTSFSSPGSSTYPSPVHSGFPSPSVATTYS
SVPPAFPAQVSSFPSSAVTNSFSASTGLSDMTATFSPRTIEIC

Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

  • Suggs S.V., Katzowitz J.L., Tsai-Morris C.-H., Sukhatme V.P. (1990). cDNA sequence of the human cellular early growth response gene Egr-1. Nucleic Acids Res. 18: 4283—4283. PMID 2377485 DOI:10.1093/nar/18.14.4283
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Cullen E.M., Brazil J.C., O'Connor C.M. (2010). Mature human neutrophils constitutively express the transcription factor EGR-1. Mol. Immunol. 47: 1701—1709. PMID 20363028 DOI:10.1016/j.molimm.2010.03.003
  • Zandarashvili L., White M.A., Esadze A., Iwahara J. (2015). Structural impact of complete CpG methylation within target DNA on specific complex formation of the inducible transcription factor Egr-1. FEBS Lett. 589: 1748—1753. PMID 25999311 DOI:10.1016/j.febslet.2015.05.022

Примітки

  1. Human PubMed Reference:.
  2. Mouse PubMed Reference:.
  3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:3238 (англ.) . Архів оригіналу за 14 березня 2016. Процитовано 31 серпня 2017.
  4. UniProt, P18146 (англ.) . Архів оригіналу за 16 серпня 2017. Процитовано 31 серпня 2017.

Див. також

  • Хромосома 5
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші