KDM5D

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2E6R, 2YQE

Ідентифікатори

Символи

KDM5D, HY, HYA, JARID1D, SMCY, lysine demethylase 5D

Зовнішні ІД

OMIM: 426000 MGI: 99780 HomoloGene: 55838 GeneCards: KDM5D

Онтологія гена
Молекулярна функція	• histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • DNA binding • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • androgen receptor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • methylated histone binding
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • fibrillar center • компонент клітини • histone methyltransferase complex
Біологічний процес	• histone H3-K4 demethylation • T cell antigen processing and presentation • transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of androgen receptor signaling pathway • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • ремоделювання хроматину
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


8284


20592

Ensembl


ENSG00000012817


ENSMUSG00000056673

UniProt


Q9BY66


Q62240

RefSeq (мРНК)


NM_001146705 NM_001146706 NM_004653


NM_011419

RefSeq (білок)


NP_001140177 NP_001140178 NP_004644


NP_035549

Локус (UCSC)

Хр. Y: 19.7 – 19.74 Mb

Хр. Y: 0.9 – 0.96 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

KDM5D (англ. Lysine demethylase 5D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на Y-хромосомі.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 539 амінокислот, а молекулярна маса — 174 073^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEPGCDEFLP	PPECPVFEPS	WAEFQDPLGY	IAKIRPIAEK	SGICKIRPPA
DWQPPFAVEV	DNFRFTPRVQ	RLNELEAQTR	VKLNYLDQIA	KFWEIQGSSL
KIPNVERKIL	DLYSLSKIVI	EEGGYEAICK	DRRWARVAQR	LHYPPGKNIG
SLLRSHYERI	IYPYEMFQSG	ANHVQCNTHP	FDNEVKDKEY	KPHSIPLRQS
VQPSKFSSYS	RRAKRLQPDP	EPTEEDIEKH	PELKKLQIYG	PGPKMMGLGL
MAKDKDKTVH	KKVTCPPTVT	VKDEQSGGGN	VSSTLLKQHL	SLEPCTKTTM
QLRKNHSSAQ	FIDSYICQVC	SRGDEDDKLL	FCDGCDDNYH	IFCLLPPLPE
IPRGIWRCPK	CILAECKQPP	EAFGFEQATQ	EYSLQSFGEM	ADSFKSDYFN
MPVHMVPTEL	VEKEFWRLVS	SIEEDVTVEY	GADIHSKEFG	SGFPVSNSKQ
NLSPEEKEYA	TSGWNLNVMP	VLDQSVLCHI	NADISGMKVP	WLYVGMVFSA
FCWHIEDHWS	YSINYLHWGE	PKTWYGVPSL	AAEHLEEVMK	MLTPELFDSQ
PDLLHQLVTL	MNPNTLMSHG	VPVVRTNQCA	GEFVITFPRA	YHSGFNQGYN
FAEAVNFCTA	DWLPAGRQCI	EHYRRLRRYC	VFSHEELICK	MAAFPETLDL
NLAVAVHKEM	FIMVQEERRL	RKALLEKGVT	EAEREAFELL	PDDERQCIKC
KTTCFLSALA	CYDCPDGLVC	LSHINDLCKC	SSSRQYLRYR	YTLDELPTML
HKLKIRAESF	DTWANKVRVA	LEVEDGRKRS	FEELRALESE	ARERRFPNSE
LLQRLKNCLS	EVEACIAQVL	GLVSGQVARM	DTPQLTLTEL	RVLLEQMGSL
PCAMHQIGDV	KDVLEQVEAY	QAEAREALAT	LPSSPGLLRS	LLERGQQLGV
EVPEAHQLQQ	QVEQAQWLDE	VKQALAPSAH	RGSLVIMQGL	LVMGAKIASS
PSVDKARAEL	QELLTIAERW	EEKAHFCLEA	RQKHPPATLE	AIIRETENIP
VHLPNIQALK	EALTKAQAWI	ADVDEIQNGD	HYPCLDDLEG	LVAVGRDLPV
GLEELRQLEL	QVLTAHSWRE	KASKTFLKKN	SCYTLLEVLC	PCADAGSDST
KRSRWMEKAL	GLYQCDTELL	GLSAQDLRDP	GSVIVAFKEG	EQKEKEGILQ
LRRTNSAKPS	PLAPSLMASS	PTSICVCGQV	PAGVGVLQCD	LCQDWFHGQC
VSVPHLLTSP	KPSLTSSPLL	AWWEWDTKFL	CPLCMRSRRP	RLETILALLV
ALQRLPVRLP	EGEALQCLTE	RAIGWQDRAR	KALASEDVTA	LLRQLAELRQ
QLQAKPRPEE	ASVYTSATAC	DPIREGSGNN	ISKVQGLLEN	GDSVTSPENM
APGKGSDLEL	LSSLLPQLTG	PVLELPEAIR	APLEELMMEG	DLLEVTLDEN
HSIWQLLQAG	QPPDLDRIRT	LLELEKFEHQ	GSRTRSRALE	RRRRRQKVDQ
GRNVENLVQQ	ELQSKRARSS	GIMSQVGREE	EHYQEKADRE	NMFLTPSTDH
SPFLKGNQNS	LQHKDSGSSA	ACPSLMPLLQ	LSYSDEQQL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Agulnik A.I., Bishop C.E., Lerner J.L., Agulnik S.I., Solovyev V.V. (1997). Analysis of mutation rates in the SMCY/SMCX genes shows that mammalian evolution is male driven. Mamm. Genome. 8: 134—138. PMID 9060413 DOI:10.1007/s003359900372
Lee M.G., Norman J., Shilatifard A., Shiekhattar R. (2007). Physical and functional association of a trimethyl H3K4 demethylase and Ring6a/MBLR, a polycomb-like protein. Cell. 128: 877—887. PMID 17320162 DOI:10.1016/j.cell.2007.02.004
Akimoto C., Kitagawa H., Matsumoto T., Kato S. (2008). Spermatogenesis-specific association of SMCY and MSH5. Genes Cells. 13: 623—633. PMID 18459961 DOI:10.1111/j.1365-2443.2008.01193.x

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11115 (англ.) . Процитовано 13 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9BY66 (англ.) . Архів оригіналу за 12 жовтня 2016. Процитовано 13 вересня 2017.

Див. також

Хромосома Y

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма