TRPS1

Ідентифікатори

Символи

TRPS1, GC79, LGCR, transcriptional repressor GATA binding 1

Зовнішні ІД

OMIM: 604386 MGI: 1927616 HomoloGene: 8556 GeneCards: TRPS1

Пов'язані генетичні захворювання

великий депресивний розлад, unipolar depression, trichorhinophalangeal syndrome type II, trichorhinophalangeal syndrome type I^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • zinc ion binding • chromatin binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nucleic acid binding • protein domain specific binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента	• transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• skeletal system development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • NLS-bearing protein import into nucleus • regulation of chondrocyte differentiation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин • protein heterooligomerization
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


7227


83925

Ensembl


ENSG00000104447


ENSMUSG00000038679

UniProt


Q9UHF7


Q925H1

RefSeq (мРНК)


NM_001282902 NM_001282903 NM_014112 NM_001330599


NM_032000 NM_001310481 NM_001310485

RefSeq (білок)


NP_001269831 NP_001269832 NP_001317528 NP_054831


н/д

Локус (UCSC)

Хр. 8: 115.41 – 115.81 Mb

Хр. 15: 50.65 – 50.89 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

TRPS1 (англ. Transcriptional repressor GATA binding 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 281 амінокислот, а молекулярна маса — 141 521^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MVRKKNPPLR	NVASEGEGQI	LEPIGTESKV	SGKNKEFSAD	QMSENTDQSD
AAELNHKEEH	SLHVQDPSSS	SKKDLKSAVL	SEKAGFNYES	PSKGGNFPSF
PHDEVTDRNM	LAFSSPAAGG	VCEPLKSPQR	AEADDPQDMA	CTPSGDSLET
KEDQKMSPKA	TEETGQAQSG	QANCQGLSPV	SVASKNPQVP	SDGGVRLNKS
KTDLLVNDNP	DPAPLSPELQ	DFKCNICGYG	YYGNDPTDLI	KHFRKYHLGL
HNRTRQDAEL	DSKILALHNM	VQFSHSKDFQ	KVNRSVFSGV	LQDINSSRPV
LLNGTYDVQV	TSGGTFIGIG	RKTPDCQGNT	KYFRCKFCNF	TYMGNSSTEL
EQHFLQTHPN	KIKASLPSSE	VAKPSEKNSN	KSIPALQSSD	SGDLGKWQDK
ITVKAGDDTP	VGYSVPIKPL	DSSRQNGTEA	TSYYWCKFCS	FSCESSSSLK
LLEHYGKQHG	AVQSGGLNPE	LNDKLSRGSV	INQNDLAKSS	EGETMTKTDK
SSSGAKKKDF	SSKGAEDNMV	TSYNCQFCDF	RYSKSHGPDV	IVVGPLLRHY
QQLHNIHKCT	IKHCPFCPRG	LCSPEKHLGE	ITYPFACRKS	NCSHCALLLL
HLSPGAAGSS	RVKHQCHQCS	FTTPDVDVLL	FHYESVHESQ	ASDVKQEANH
LQGSDGQQSV	KESKEHSCTK	CDFITQVEEE	ISRHYRRAHS	CYKCRQCSFT
AADTQSLLEH	FNTVHCQEQD	ITTANGEEDG	HAISTIKEEP	KIDFRVYNLL
TPDSKMGEPV	SESVVKREKL	EEKDGLKEKV	WTESSSDDLR	NVTWRGADIL
RGSPSYTQAS	LGLLTPVSGT	QEQTKTLRDS	PNVEAAHLAR	PIYGLAVETK
GFLQGAPAGG	EKSGALPQQY	PASGENKSKD	ESQSLLRRRR	GSGVFCANCL
TTKTSLWRKN	ANGGYVCNAC	GLYQKLHSTP	RPLNIIKQNN	GEQIIRRRTR
KRLNPEALQA	EQLNKQQRGS	NEEQVNGSPL	ERRSEDHLTE	SHQREIPLPS
LSKYEAQGSL	TKSHSAQQPV	LVSQTLDIHK	RMQPLHIQIK	SPQESTGDPG
NSSSVSEGKG	SSERGSPIEK	YMRPAKHPNY	SPPGSPIEKY	QYPLFGLPFV
HNDFQSEADW	LRFWSKYKLS	VPGNPHYLSH	VPGLPNPCQN	YVPYPTFNLP
PHFSAVGSDN	DIPLDLAIKH	SRPGPTANGA	SKEKTKAPPN	VKNEGPLNVV
KTEKVDRSTQ	DELSTKCVHC	GIVFLDEVMY	ALHMSCHGDS	GPFQCSICQH
LCTDKYDFTT	HIQRGLHRNN	AQVEKNGKPK	E

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Kaiser F.J., Moeroey T., Chang G.T., Horsthemke B., Luedecke H.J. (2003). The RING finger protein RNF4, a co-regulator of transcription, interacts with the TRPS1 transcription factor. J. Biol. Chem. 278: 38780—38785. PMID 12885770 DOI:10.1074/jbc.M306259200
Kaiser F.J., Ludecke H.J., Weger S. (2007). SUMOylation modulates transcriptional repression by TRPS1. Biol. Chem. 388: 381—390. PMID 17391059 DOI:10.1515/BC.2007.051
Impens F., Radoshevich L., Cossart P., Ribet D. (2014). Mapping of SUMO sites and analysis of SUMOylation changes induced by external stimuli. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111: 12432—12437. PMID 25114211 DOI:10.1073/pnas.1413825111
Hendriks I.A., Treffers L.W., Verlaan-de Vries M., Olsen J.V., Vertegaal A.C. (2015). SUMO-2 orchestrates chromatin modifiers in response to DNA damage. Cell Rep. 10: 1778—1791. PMID 25772364 DOI:10.1016/j.celrep.2015.02.033

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з TRPS1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:12340 (англ.) . Архів оригіналу за 25 квітня 2016. Процитовано 7 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9UHF7 (англ.) . Архів оригіналу за 25 вересня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 8

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма