SOX2

SOX2
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

1O4X, 2LE4

Ідентифікатори
Символи SOX2, ANOP3, MCOPS3, SRY-box 2, Sox2, SRY-box transcription factor 2
Зовнішні ІД OMIM: 184429 MGI: 98364 HomoloGene: 68298 GeneCards: SOX2
Пов'язані генетичні захворювання
syndromic microphthalmia 3[1]
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
sequence-specific DNA binding
miRNA binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific

Клітинна компонента

цитоплазма
гіалоплазма
transcription regulator complex
нуклеоплазма
клітинне ядро

Біологічний процес

розвиток ока
pituitary gland development
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
negative regulation of neuron differentiation
somatic stem cell population maintenance
endodermal cell fate specification
positive regulation of cell-cell adhesion
tissue regeneration
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
transcription by RNA polymerase II
regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process
adenohypophysis development
transcription, DNA-templated
neuronal stem cell population maintenance
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
multicellular organism development
glial cell fate commitment
response to wounding
osteoblast differentiation
positive regulation of cell differentiation
negative regulation of epithelial cell proliferation
регуляція експресії генів
inner ear development
forebrain development
response to growth factor
negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
positive regulation of MAPK cascade
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
cytokine-mediated signaling pathway
диференціація клітин
cell fate commitment
central nervous system development
neuron differentiation

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії


Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
6657
20674
Ensembl
ENSG00000181449
ENSMUSG00000074637
UniProt
P48431
P48432
RefSeq (мРНК)
NM_003106
NM_011443
RefSeq (білок)
NP_003097
NP_035573
Локус (UCSC) Хр. 3: 181.71 – 181.71 Mb Хр. 3: 34.7 – 34.71 Mb
PubMed search [2] [3]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

SOX2 (англ. SRY-box 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. [4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 317 амінокислот, а молекулярна маса — 34 310[5].

Послідовність амінокислот
1020304050
MYNMMETELKPPGPQQTSGGGGGNSTAAAAGGNQKNSPDRVKRPMNAFMV
WSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRAL
HMKEHPDYKYRPRRKTKTLMKKDKYTLPGGLLAPGGNSMASGVGVGAGLG
AGVNQRMDSYAHMNGWSNGSYSMMQDQLGYPQHPGLNAHGAAQMQPMHRY
DVSALQYNSMTSSQTYMNGSPTYSMSYSQQGTPGMALGSMGSVVKSEASS
SPPVVTSSSHSRAPCQAGDLRDMISMYLPGAEVPEPAAPSRLHMSQHYQS
GPVPGTAINGTLPLSHM

Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • Stevanovic M., Zuffardi O., Collignon J., Lovell-Badge R., Goodfellow P. (1994). The cDNA sequence and chromosomal location of the human SOX2 gene. Mamm. Genome. 5: 640—642. PMID 7849401 DOI:10.1007/BF00411460
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

  1. Захворювання, генетично пов'язані з SOX2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
  2. Human PubMed Reference:.
  3. Mouse PubMed Reference:.
  4. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11195 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
  5. UniProt, P48431 (англ.) . Архів оригіналу за 30 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

  • Хромосома 3
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші