SOX17

SOX17
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

2YUL, 4A3N

Ідентифікатори
Символи SOX17, VUR3, SRY-box 17, SRY-box transcription factor 17
Зовнішні ІД OMIM: 610928 MGI: 107543 HomoloGene: 7948 GeneCards: SOX17
Онтологія гена
Молекулярна функція

sequence-specific DNA binding
DNA binding
beta-catenin binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
GO:0001105 transcription coactivator activity
transcription factor binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
protein heterodimerization activity
transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific

Клітинна компонента

transcription regulator complex
нуклеоплазма
клітинне ядро

Біологічний процес

renal system development
endoderm development
regulation of embryonic development
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process
stem cell fate specification
positive regulation of skeletal muscle tissue development
embryonic foregut morphogenesis
embryonic organ development
endodermal digestive tract morphogenesis
negative regulation of mesodermal cell fate specification
inner cell mass cellular morphogenesis
negative regulation of Wnt signaling pathway
protein stabilization
endocardium formation
outflow tract morphogenesis
signal transduction involved in regulation of gene expression
endodermal cell fate determination
mRNA transcription by RNA polymerase II
regulation of mesodermal cell fate specification
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
Wnt signaling pathway
endocardial cell differentiation
regulation of cardiac cell fate specification
transcription, DNA-templated
stem cell differentiation
embryonic heart tube development
васкулогенез
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
heart looping
cardiac cell fate determination
common bile duct development
negative regulation of Wnt signaling pathway involved in heart development
rostrocaudal neural tube patterning
GO:1901313 positive regulation of gene expression
cardiogenic plate morphogenesis
heart formation
embryonic heart tube morphogenesis
negative regulation of cell growth
protein destabilization
Ангіогенез
Сперматогенез
positive regulation of cell differentiation
regulation of stem cell division
гаструляція
gall bladder development
canonical Wnt signaling pathway
регуляція диференціювання клітин
cell migration involved in gastrulation
endoderm formation
regulation of stem cell proliferation
negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
cellular response to leukemia inhibitory factor
диференціація клітин

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
64321
20671
Ensembl
ENSG00000164736
ENSMUSG00000025902
UniProt
Q9H6I2
Q61473
RefSeq (мРНК)
NM_022454
NM_001289464
NM_001289465
NM_001289466
NM_001289467
NM_011441
RefSeq (білок)
NP_071899
NP_001276393
NP_001276394
NP_001276395
NP_001276396
NP_035571
Локус (UCSC) Хр. 8: 54.46 – 54.46 Mb Хр. 1: 4.56 – 4.57 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

SOX17 (англ. SRY-box 17) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 414 амінокислот, а молекулярна маса — 44 117[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MSSPDAGYASDDQSQTQSALPAVMAGLGPCPWAESLSPIGDMKVKGEAPA
NSGAPAGAAGRAKGESRIRRPMNAFMVWAKDERKRLAQQNPDLHNAELSK
MLGKSWKALTLAEKRPFVEEAERLRVQHMQDHPNYKYRPRRRKQVKRLKR
VEGGFLHGLAEPQAAALGPEGGRVAMDGLGLQFPEQGFPAGPPLLPPHMG
GHYRDCQSLGAPPLDGYPLPTPDTSPLDGVDPDPAFFAAPMPGDCPAAGT
YSYAQVSDYAGPPEPPAGPMHPRLGPEPAGPSIPGLLAPPSALHVYYGAM
GSPGAGGGRGFQMQPQHQHQHQHQHHPPGPGQPSPPPEALPCRDGTDPSQ
PAELLGEVDRTEFEQYLHFVCKPEMGLPYQGHDSGVNLPDSHGAISSVVS
DASSAVYYCNYPDV

Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, сигнальний шлях Wnt. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • Katoh M. (2002). Molecular cloning and characterization of human SOX17. Int. J. Mol. Med. 9: 153—157. PMID 11786926

Примітки

  1. Human PubMed Reference:.
  2. Mouse PubMed Reference:.
  3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18122 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.
  4. UniProt, Q9H6I2 (англ.) . Архів оригіналу за 11 вересня 2017. Процитовано 7 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 8
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші