HMGB2

HMGB2
Ідентифікатори
Символи HMGB2, HMG2, high mobility group box 2
Зовнішні ІД OMIM: 163906 MGI: 96157 HomoloGene: 37582 GeneCards: HMGB2
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
protein domain specific binding
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
transcription factor binding
non-sequence-specific DNA binding, bending
single-stranded DNA binding
damaged DNA binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
four-way junction DNA binding
GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
RAGE receptor binding
chemoattractant activity
double-stranded DNA binding
DNA binding, bending
supercoiled DNA binding
RNA binding
GO:0001105 transcription coactivator activity

Клітинна компонента

цитоплазма
нуклеоплазма
хромосома
extracellular region
ядерце
perinuclear region of cytoplasm
condensed chromosome
клітинне ядро
міжклітинний простір
GO:0009327 protein-containing complex

Біологічний процес

DNA geometric change
positive regulation of interferon-beta production
nucleosome assembly
DNA recombination
apoptotic DNA fragmentation
male gonad development
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
positive regulation of endothelial cell proliferation
positive regulation of erythrocyte differentiation
inflammatory response to antigenic stimulus
процес імунної системи
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
response to steroid hormone
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
negative regulation of gene expression
transcription, DNA-templated
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
хемотаксис
response to lipopolysaccharide
GO:1901313 positive regulation of gene expression
positive regulation of nuclease activity
GO:0051636 defense response to Gram-negative bacterium
negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors
V(D)J-рекомбінація
Сперматогенез
positive regulation of innate immune response
cell chemotaxis
DNA ligation involved in DNA repair
spermatid nucleus differentiation
positive regulation of DNA binding
вроджений імунітет
GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated
cellular response to lipopolysaccharide
inflammatory response
positive regulation of megakaryocyte differentiation
regulation of neurogenesis
regulation of stem cell proliferation
DNA topological change
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
GO:0051637 defense response to Gram-positive bacterium
positive chemotaxis
ремоделювання хроматину

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
3148
97165
Ensembl
ENSG00000164104
ENSMUSG00000054717
UniProt
P26583
P30681
RefSeq (мРНК)
NM_002129
NM_001130688
NM_001130689
NM_008252
NM_001363443
NM_001363444
NM_001363445
RefSeq (білок)
NP_001124160
NP_001124161
NP_002120
NP_032278
NP_001350372
NP_001350373
NP_001350374
Локус (UCSC) Хр. 4: 173.33 – 173.33 Mb Хр. 8: 57.96 – 57.97 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

HMGB2 (англ. High mobility group box 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 209 амінокислот, а молекулярна маса — 24 034[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MGKGDPNKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDSSVNFAEFSKKCSERWK
TMSAKEKSKFEDMAKSDKARYDREMKNYVPPKGDKKGKKKDPNAPKRPPS
AFFLFCSEHRPKIKSEHPGLSIGDTAKKLGEMWSEQSAKDKQPYEQKAAK
LKEKYEKDIAAYRAKGKSEAGKKGPGRPTGSKKKNEPEDEEEEEEEEDED
EEEEDEDEE

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, запальна відповідь, хемотаксис, рекомбінація ДНК, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі, хромосомах. Також секретований назовні.

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Alexandre S., Li W.W., Lee A.S. (1992). A human HMG2 cDNA with a novel 3'-untranslated region. Nucleic Acids Res. 20: 6413—6413. PMID 1475204 DOI:10.1093/nar/20.23.6413
  • Shykind B.M., Kim J., Sharp P.A. (1995). Activation of the TFIID-TFIIA complex with HMG-2. Genes Dev. 9: 1354—1365. PMID 7797075 DOI:10.1101/gad.9.11.1354
  • Fan Z., Beresford P.J., Zhang D., Lieberman J. (2002). HMG2 interacts with the nucleosome assembly protein SET and is a target of the cytotoxic T-lymphocyte protease granzyme A. Mol. Cell. Biol. 22: 2810—2820. PMID 11909973 DOI:10.1128/MCB.22.8.2810-2820.2002
  • Zimmerman J., Maher L.J. III (2008). Transient HMGB protein interactions with B-DNA duplexes and complexes. Biochem. Biophys. Res. Commun. 371: 79—84. PMID 18413230 DOI:10.1016/j.bbrc.2008.04.024
  • Pusterla T., de Marchis F., Palumbo R., Bianchi M.E. (2009). High mobility group B2 is secreted by myeloid cells and has mitogenic and chemoattractant activities similar to high mobility group B1. Autoimmunity. 42: 308—310. PMID 19811285 DOI:10.1080/08916930902831845

Примітки

  1. Human PubMed Reference:.
  2. Mouse PubMed Reference:.
  3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:5000 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
  4. UniProt, P26583 (англ.) . Архів оригіналу за 20 липня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

  • Хромосома 4
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші